Tarmpatogene bakterier og virus, DNA/RNA

Indikasjon:

Gastroenteritt og enterokolitt utredning.

Metode og agens:

Påvisning av tarmpatogene bakterier og virus utføres med en bred PCR-basert diagnostikk der analyse for 12 ulike agens utføres rutinemessig. Endring av diagnostikken til en primær screening ved bruk av genteknologisk metode (PCR) gir raskere svar og økt sensitivitet for flere agens.

Ved positiv funn med PCR-analysen vil aktuelle bakterie(r) bli forsøkt dyrket. PCR analysen skiller ikke mellom døde og levende bakterier.

For alle mikrobiologiske undersøkelser som rekvireres er det viktig med relevante kliniske opplysninger. Ved kliniske opplysninger om diaré etter inntak av sjømat eller opphold i tropiske områder, vil laboratoriet i tillegg dyrke for Aeromonas, Plesiomonas og Vibrio.

Analysepakken «Tarmpatogene bakterier og virus, DNA/RNA» inneholder analyser for:

Bakterier	Virus
Campylobacter	Norovirus genogruppe l og ll
Salmonella	Sapovirus genogruppe l,ll, lV og V
Shigella/EIEC (Enteroinvasiv E. coli)	Adenovirus serotype 40,41
Yersinia	Rotavirus Gruppe A
EHEC (Enterohemoragisk E. coli)	Astrovirus genotype 1-8
ETEC (Enterotoxigen E. coli)
EAEC (Enteraggregativ E.coli)

Prøvemateriale:

Fæces

Prøvetakingsutstyr:

Klikk her for å laste ned prøvetakingsveiledning for fecalSwab.

Samtlige analyser utføres på fæces tilsendt på Copan fecalSwab (Cairy-Blair transportmedium). Dersom pasienten tar flere prøver til ulike tidspunkt, må hver prøve merkes med prøvetakingstidspunkt. Ved behov for repeterte prøver anbefales det at prøvene tas på ulike dager.

Oppbevaring og forsendelse:

Prøver bør oppbevares i kjøleskap før forsendelse, og leveres på legekontoret for videre transport til laboratoriet. Transporttiden bør ikke overskride 3 døgn, dette av hensyn til overlevelsen av bakterier for evt. dyrkning. Prøvene bør ikke sendes med post av hensyn til lang transporttid.

Prøven pakkes i transportboks eller transporthylse og ferdig merket prøvepose.

Svartid:

PCR analyser: 1-4 dager.

PCR + bakteriologisk dyrkning: 2-5 dager avhengig av agens

Besvarelse/tolkning:

Negative PCR analyser besvares med «Ikke påvist»

Positive virus PCR analyser besvares med «Påvist»

Positive bakterie PCR analyser besvares med «Påvist» , dyrkning forsøkes og dyrkningsanalysen besvares med agens navn når ferdig.

Positive bakteriefunn ringes ut til rekvirenten dersom laboratorielegen finner det nødvendig.

Førstegangspåvisning av Salmonella, Shigella/EIEC, EHEC, ETEC, Campylobacter og Yersinia er nominativ meldepliktig.

Alle Salmonella, Shigella/EIEC, EHEC og Yersinia stammer sendes referanselaboratoriet ved FHI. Når svaret på referanseundersøkelsen foreligger, vil det sendes ut et nytt svarbrev.

 

Kontrollprøver:

Kontrollprøver, etter tidligere påvist tarmpatogene bakterie(r), vil kun bli dyrket. PCR analysen skiller ikke mellom døde og levende bakterier. Det er viktig å informere laboratoriet om hvilken agens som ønskes kontrollert.

For veiledning i kontroll og oppfølging av pasienter med tarminfeksjoner: LINK smittevernveilederen

 

 

 

 

Stikkord: adenovirus, EAEC, fæcesdyrkning, turistdiare, matforgiftning, plesiomonas, astrovirus, sapovirus, enterokolitt, tarmpatogener, feces, norovirus, gastroenteritt, fæces, rotavirus, diare, ETEC, EIEC, campylobacter, yersinia, EHEC, aeromonas, vibrio, shigella, salmonella