Tarmpatogene bakterier, virus og parasitter DNA/RNA
Indikasjon:
Gastroenteritt og enterokolitt utredning.
Metode og agens:
Påvisning av tarmpatogene bakterier, virus og enkelte parasitter utføres med en bred PCR-basert diagnostikk der analyse for flere ulike agens utføres rutinemessig. Endring av diagnostikken til en primær screening ved bruk av genteknologisk metode (PCR) gir raskere svar og økt sensitivitet for flere agens.
Ved positiv funn med PCR-analysen vil aktuelle bakterie(r) bli forsøkt dyrket. PCR analysen skiller ikke mellom døde og levende bakterier.
For alle mikrobiologiske undersøkelser som rekvireres er det viktig med relevante kliniske opplysninger. Ved kliniske opplysninger om diaré etter inntak av sjømat eller opphold i tropiske områder, vil laboratoriet i tillegg dyrke for Aeromonas, Plesiomonas og Vibrio.
Analysepakken «Tarmpatogene bakterier, virus og parasitter DNA/RNA» inneholder analyser for:
| Bakterier | Salmonella spp, Campylobacter spp, Shigella spp/enteroinvasiv E. coli (EIEC), Yersina enterocolitica, enterohemorragisk E.coli (EHEC) shigatoxin 1+2, enterotoxigen E. coli (ETEC), enteroaggregativ E. coli (EAEC) og Clostridioides difficile A+B toxin |
| Virus | Astro-, adeno-, noro-, sapo- og rotavirus |
| Parasitter | Giardia lamblia, Cryptosporidier og Entamoeba histolytica |
Prøvemateriale:
Feces
Prøvetakingsutstyr:
Klikk her for å laste ned prøvetakingsveiledning for fecalSwab.
Samtlige analyser utføres på feces tilsendt på Copan fecalSwab (Cairy-Blair transportmedium).
Oppbevaring og forsendelse:
Prøver bør oppbevares i kjøleskap før forsendelse, og leveres på legekontoret for videre transport til laboratoriet. Transporttiden bør ikke overskride 3 døgn, dette av hensyn til overlevelsen av bakterier for evt. dyrkning. Prøvene bør ikke sendes med post av hensyn til lang transporttid.
Prøven pakkes i transportboks eller transporthylse og ferdig merket prøvepose.
Svartid:
PCR analyser: 1-4 dager.
PCR + bakteriologisk dyrkning: 2-5 dager avhengig av agens
Besvarelse/tolkning:
Negative PCR analyser besvares med «Ikke påvist»
Positive virus og parasitt PCR analyser besvares med «Påvist»
Positive bakterie PCR analyser besvares med «Påvist» , dyrkning forsøkes og dyrkningsanalysen besvares med agens navn når ferdig.
Positive bakteriefunn ringes ut til rekvirenten dersom laboratorielegen finner det nødvendig.
Førstegangspåvisning av Salmonella, Shigella/EIEC, EHEC, ETEC, Campylobacter, Yersinia enterocolitica, Giardia lamblia og Cryptosporidium spp. er nominativ meldepliktig.
Alle Salmonella, Shigella/EIEC, EHEC og Yersinia enterocolitica stammer sendes referanselaboratoriet ved FHI. Når svaret på referanseundersøkelsen foreligger, vil det sendes ut et nytt svarbrev.
Kontrollprøver:
Kontrollprøver, etter tidligere påvist tarmpatogene bakterie(r), vil kun bli dyrket. PCR analysen skiller ikke mellom døde og levende bakterier. Det er viktig å informere laboratoriet om hvilken agens som ønskes kontrollert.
For veiledning i kontroll og oppfølging av pasienter med tarminfeksjoner: LINK smittevernveilederen
Stikkord: adenovirus, EAEC, fæcesdyrkning, turistdiare, matforgiftning, plesiomonas, astrovirus, sapovirus, enterokolitt, tarmpatogener, feces, norovirus, gastroenteritt, rotavirus, diare, ETEC, EIEC, campylobacter, yersinia, EHEC, aeromonas, vibrio, shigella, salmonella, fæces